Officier des armes, saint-cyrien, Jean-Philippe Margueron a servi toute sa carrière dans l'armée de terre et dans tous les grades. En 2014, il est général d'armée, inspecteur général des armées auprès du ministre de la Défense. De 2015 à 2020, il est conseiller maître en service extraordinaire à la 4ème chambre de la Cour des comptes.